茅山的药物，史料记载颇多。相传周朝的开国君主古公生病，想立第三个儿子季历（周文王之父）接位，长子太伯得知父意，就躬行孝道，约二弟仲雍自 辗转抵句曲山采药，为父治病；秦始皇灭楚之后，也亲登句曲山之北垂，采集长生不老药。太伯与秦始皇的收获如何，姑且不论，明代著名的药物学家李时珍还曾亲自来茅山采撷和考察药材，他写在《本草纲目》中与茅山有关的药材高达三百八十多种，其中有的草药还闻名于世。
名气最大的草药首推茅山石 门产的茅苍术。茅苍术又名茅术，叶无柄，茎上部叶呈披针形，不裂，基部叶有缺刻；头状花序圆柱形，退化雄芯先端卷曲。陶弘景曾誉其“味重金浆，芳逾玉 液”，评价极高。它的功能是燥湿健脾，主治湿阻脾胃、胸腹胀满、腹泻、湿痹、足膝痿软等症，历来被贡进皇宫祛风辟秽，惟顺治初年（清世祖）“恩诏免贡” 过。由于茅苍术的需求量甚大，方士、道家等不得不进行人工培植。明诗中就有“句曲云中朝种术”、“阡遗种术田”等句，可见一斑。如今茅苍术遍布于华东、华 中。恐与此有关。
“禹余粮”即是一种矿物，又是一种药物。它的功能涩肠止血，注治久泻、久痢、便血、崩漏、带下等症。相传陶弘景在茅山“夜梦神禹赐食，旦而凿地得之，极精……啮之如面，无糁。”后人则需用水淘净再服用。想是前人把表层精的吃光了，后人只好吃粗一点的。
茅山还有“茅山红”等芍药，“白而长硕”、“气烈性大”，主治淤备凝滞、经闭、肋痛、赤痢、痈肿等症。
据唐之《酉阳杂俎》等书 载，茅山多产瑞草，其中“五芝”十分名贵，名龙仙芝，参成芝、燕胎芝、科玉芝、夜光洞芝，但“可遇不可求”。据传说，除非有道之人择日登山并“投金环二双 于石洞”而“勿顾念”，始可见到。不过真有资格且又有条件进行试验的，恐廖廖无几。此外，山中还有玉兰芝、琅葛芝、丹芝等，皆可益人精气，强人筋骨。古诗 中有“荧芝可烛夜”之句，说明灵芝在黑暗之中还可以发出微弱的光亮。
茅山的灵芝名气也很大，据 唐天宝七年五月二十一日李含光呈的《生灵芝表》云：“紫阳观……忽生芝草，八十一茎，形状瑰奇，光采秀丽，根凭松石，气郁兰荃，斯实旷代稀有，当今罕 见……”紫阳观乃晋代上清真人许长史之旧宅，唐玄宗见表大喜，以为祥瑞，于是“诏以紫阳观侧近二百户；太平、崇元两观各一百户并免其官徭以供香火……其年 夏六月前生灵芝之所又产三百余茎，煌煌秀异，人所莫睹……”（见颜真卿先生撰的《玄静先生广陵李君碑》一文。）
古人已掌握培植芝草的技术。唐人冷大章在《游茅山赠戈道士》一诗中，就有“玉砌养芝早发秀”之句。由此推断紫阳观两度生的灵芝，或是道人长期培育的结果。
茅山亦出黄精。黄精是多年 生草木，地下具横生根状茎，肉质肥大。它的块茎补气、润肺，主治脾胃虚弱、肺虚咳嗽、消渴等症。县志云：唐天宝七年五月，玄宗李隆基白昼梦见陶弘景赠予其 药，醒后恰闻报李元静献茅山黄精，不禁不惊又喜，以为自己有真人暗福助，遂“册赠”李为太保。太保虽是大官加衔的虚职，茅山的黄精也因此身价百倍。
正如唐代诗人许浑在《赠茅山高拾遗》一诗中吟咏：“遍添新品药名多”。至于茅山的茯苓、泽泻、何首乌、枸杞、太子参、桔梗、百部等等中草药，因篇帐所限，恕不一一罗列。
